به دنبال تحولات موفقیت آمیز در جبهه ها و شروع عملیات های بزرگ و گسترده در اواخر سال1360، حجم داوطلبان اعزام به جبهه ها فزونی یافت. با گسترش يگان هاي رزم سپاه، استان تهران (سپاه منطقه ده تهران) که نیروهای بسیج و سپاهی خود را به تیپ پیاده 27 محمد رسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم) و تیپ زرهی 20 رمضان اعزام می نمود؛ در پي تدارک و ایجاد یک یگان دیگر برآمد.

 در پانزدهم فروردين ماه سال 1361، با حکم شهید داود کریمی _ فرمانده سپاه منطقه ده تهران_ ؛ تيپ سيدالشهدا (عليه السلام) به فرماندهي یکی از فرماندهان لشکر حضرت رسول (صلي الله عليه و اله و سلم) به نام محسن وزوایی؛ ابلاغ گرديد و با انتخاب چند نفر محدود به عنوان جانشین وعوامل اصلی تیپ؛ عازم منطقه شد. بنا به تدبیر شهید داود کریمی، مقررگرديد نیرو، تجهیزات وامکانات لازم براي تشکیل تیپ سيدالشهدا (عليه السلام)؛ از تیپ محمد رسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم) تأمین شود.

تشكيل هسته اولیه فرماندهی تيپ سيدالشهداء (عليه السلام) از طرف فرماندهی منطقه ده تهران، با شروع عمليات بيت المقدس همزمان گردید. از آنجا كه تشکیل تیپ سیدالشهداء(عليه السلام) و انتصاب فرماندهی آن، داراي هيچ حکمي از جانب فرماندهی کل سپاه نبوده ، بر اين اساس، در تاريخ هفدهم فروردين ماه، طی جلسه اي در پادگان دوکوهه، بنا به پيشنهاد برادر (جاویدالاثر) حاج احمد متوسليان فرمانده وقت تیپ محمد رسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم)، مقرر شد به خاطر در پيش بودن عمليات و به منظور ممانعت از تجزیه و تضعیف تيپ محمد رسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم)؛ فرماندهان پیشنهادی جهت راه اندازی اولیه تيپ سيدالشهداء(عليه السلام)؛ به عنوان فرماندهان یکی از محورهای عملیاتی در تيپ27 محمد رسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم) بنام محور سیدالشهداء(عليه السلام) انجام وظیفه نمایند.

اما رخدادهايي مانند  شهادت محسن وزوايي در عمليات بيت المقدس، اعزام تیپ محمد رسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم) به سوریه و اسارت حاج احمد متوسلیان توسط نیروهای وابسته به صهیونیزم، عملاً تشکیل تیپ سیدالشهداء (عليه السلام) را در همان مراحل اولیه متوقف نمود.

بعد از عملیات رمضان و در شهريور ماه 1361، با تصویب و مجوز قرارگاه خاتم الانبیاء (صلي الله عليه و آله و سلم) و حکم فرماندهی کل سپاه، تيپ پیاده 10 حضرت سيدالشهداء (عليه السلام) به صورت رسمی و به فرماندهي برادر حاج علي موحد دانش و واگذاری نیرو و تجهیزات از سپاه تهران، عملاً تشکیل و شروع به فعاليت نمود.

در اين مرحله، تيپ سیدالشهداء (عليه السلام)، با استقرار در پادگان امام حسین (علیه السلام) تهران و جذب نیرو و امکانات، با راه اندازي چهار گردان پياده به نام های گردان حضرت قمر بنی هاشم(عليه السلام)-گردان حضرت علی اکبر(عليه السلام)-گردان حضرت قاسم(عليه السلام) وگردان زهیر و گردانهاي پشتيباني (ادوات، پدافند، مهندسي، بهداري، مخابرات، تخریب و…) از تهران به مقصد جبهه هاي نبرد، عازم اسلام آباد غرب شد و پادگان الله اكبر را به عنوان عقبه خود انتخاب نمود.

شهيد حاج علي موحددانش، در مدت کوتاه فرماندهي بر تيپ سيدالشهداء عليه السلام، آموزش، سازماندهي و تأمين نيازمندي هاي اوليه تيپ را با جدیت پیگیری نمود. وي، مأموريت پدافندي عمليات مسلم ابن عقيل در منطقه عمومي سومار را به عهده گرفت و تا آذر ماه 1361 فرماندهي تيپ را به عهده داشت سپس به خاطر عدم تمایل به ادامه حضور در سمت فرماندهی تیپ، در آذر ماه سال 1361 از سمت خود استعفا داد و فرماندهي تيپ سيدالشهداء (عليه السلام) به عهده شهيد كاظم نجفي رستگار (مسؤول عملیات تیپ) گذارده شد.

شهيد رستگار، ضمن تقويت و استحكام سازماني تيپ و تغيير توانمندي آن از يك سازمان نوپا و پدافندي، به یک تیپ عملیاتی و قدرتمند، با جذب نیروهای مجرب و توانمند از کادر سپاهی، پاسدار وظیفه، بسیجی و كمك هاي مردمی، از سپاه های تهران وشهرستانهای ری، ورامین،کرج، دماوند و... تيپ را در عمليات هاي والفجر مقدماتي، والفجر يك، والفجر دو، والفجر چهار و خيبر شركت داد و توانمندي تيپ را به حدي از قدرت رساند كه به عنوان يكي از تيپ هاي عملياتي برتر در سازمان سپاه مطرح گرديد و در بین یگان های خودی، به یکی از یگان های ضربتی، خط شکن و سریع الانتقال تبديل شد به طوريكه در هر منطقه اي وارد میشد، فرماندهان دشمن را به هراس وامي داشت.

از آبان ماه 1363 فرماندهي تيپ، به عهده برادر حاج محمد خزاعي، از فرماندهان باسابقه و عملیاتی لشکر محمدرسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم) قرار گرفت. در این مرحله، سردار جواد حکمی به عنوان جانشین، سردار باقر تاجیک به عنوان رئیس ستاد و سردارشهید علیرضا نوری به عنوان مسؤول عملیات تیپ، ایشان را همراهی کرده و سازمان تیپ را پوشش دادند. در اين مقطع زمانی (سال 1363)، جبهه هاي ايران با ركود عملياتي مواجه بوده و تنها يك عمليات (عملیات بدر) در زمان فرماندهي برادر خزاعي انجام شد كه در اين عمليات، تيپ سيدالشهداء (علیه السلام)، صرفاً به عنوان احتياط لشکر محمد رسول الله(صلي الله عليه و آله و سلم) تعیین شد.

در اواخرخرداد ماه سال 1364، فرماندهي تيپ به برادر علي فضلي واگذار شد. ایشان که از چهره ها و فرماندهان شاخص، شناخته شده، دارای سابقه فرماندهی در لشکر محمد رسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم) و مورد وثوق فرماندهان عالی جنگ بود، عليرغم مجروحيت هاي مكرر و مصدوميت ها و معلوليت هاي شديد، تا بهمن ماه 1376 فرماندهي لشكر سیدالشهداء (علیه السلام) را به عهده داشت. در زمان فرماندهی سردار فضلی، در تاریخ 28 خردادماه سال 1365 بود که با توجه به توان رزمي، عملياتي، استعداد و همچنين حماسه آفريني هاي تيپ سيدالشهداء (عليه السلام) در عرصه هاي نبرد؛ به منظور تقويت و گسترش سازمان رزمي و افزایش سطح لياقتها و شايستگي هاي تيپ، با تصويب فرماندهي محترم كل سپاه؛ تیپ سیدالشهدا علیه السلام، از تيپ پياده به "لشكر نيرو مخصوص" ارتقاء یافته و تغيير سازمان داد.

عقبه لشکر سیدالشهدا علیه السلام در دوران دفاع مقدس، قسمت  شمالی پادگان ولی عصر(عجل الله فرجه) تهران بود. بعد از جنگ تحمیلی نیز همین مکان به عنوان پادگان لشکر سیدالشهدا علیه السلام محسوب میشد تا اینکه در اوایل سال 1374، مقر ستاد لشکر بنا به تدبیر و ابلاغ مقام معظم فرماندهی کل قوا از پادگان ولی عصر(عجل الله فرجه) به پادگان حر منتقل گردید.

در بهمن ماه سال 1376 سردار سرتيپ پاسدار اسدالله ناصح ( فرمانده تيپ نبي اكرم صلی الله علیه و آله و سلم در زمان جنگ وجانشین حفاظت اطلاعات کل سپاه بعد از جنگ)؛ جایگزین سردار فضلی شد و فرماندهي لشكر سیدالشهداء (علیه السلام) را عهده دار گردید و تا شهريور ماه1381، لشکر را فرماندهی کرد.

 یکی از افتخارات این دوران، تشریف فرمایی مقام معظم رهبری و فرماندهی کل قوا در آبان ماه 1376 به پادگان حُر، و بیعت مجدد رزمندگان و پیشکسوتان لشکر 10 سیدالشهداء (عليه السلام) با امام ومقتدای خود  در این مکان بود.

پس از سردار ناصح، سردار سرتيپ پاسدار يزدان مؤيدي نيا ( فرمانده تيپ زرهي 20 رمضان در دوران جنگ تحمیلی و فرمانده لشكرهاي 31 عاشورا  ولشکر 7  ولي عصر (عج) در دوران بعد از جنگ ) سكان فرماندهي لشكر را در اختيار گرفت و تا سال 1384  عهده دار این مسؤولیت بود.

در دوران فرماندهی ایشان بود که بنا به تدبیر فرماندهی محترم وقت نیروی زمینی سپاه، مقر ستاد لشکر، علیرغم در اختیار داشتن پادگان حُر و نوسازی ابنیه و فضای بسیار مناسب آن و دسترسی به مأموریت های شهری، از پادگان حر به پادگان بلال، واقع در کیلومتر 14 جاده کرج منتقل گردید.

 بعد از اتمام دوران فرماندهی سردار یزدان، مسؤولیت فرماندهی لشکر به سردار سرتیپ پاسدار حاج عبدالله عراقی سپرده شد.

سردار سرتیپ پاسدار حاج عبدالله عراقی فرماندهی تیپ 82 صاحب الامر(عجل الله) قزوین، ریاست ستاد لشکر سیدالشهداء (عليه السلام)، جانشین لشکر و قرارگاه استانی 4 بعثت کرمانشاه، فرماندهی لشکر14 امام حسین (علیه السلام) اصفهان و فرمانده لشکر17 علی ابن ابیطالب (عليه السلام) قم را در کارنامه خود داشت.

همزمان با تغیر ساختار یگان های رزم و ادغام نواحی مقاومت و یگان های نیروی زمینی، و نیز ارتقاء سازمانی لشکر به سپاه استانی در تاریخ12 تیر ماه 1387 سردار سرتیپ پاسدار حاج علی فضلی مجدداً به فرماندهی این یگان منصوب گردید.

همزمان با این تغییر و تحولات و فرماندهی مجدد سردار فضلی، مقر ستاد سپاه سیدالشهداء (عليه السلام) به شهر کرج منتقل و در محل ناحیه کرج مستقر گردید. مجموعه پادگان بلال، در اختیار نیروی هوایی سپاه قرارگرفت و مجموعه عظیم پادگان حُر که مقر ستاد تیپ یکم الزهرا (سلام الله علیها) بود با تمام پرسنل، تجهیزات و امکانات جانبی مجموعه، اعم از پلی کلینیک، منازل سازمانی و مجتمع های فرهنگی ورزشی، (که تمام عقبه وعُلقه های رزمندگان این یگان به پادگان حُر بود) به سپاه محمد رسول الله (صلي الله عليه و آله و سلم) واگذار شد و تیپ سوم صاحب الامر قزوین از لشکر سیدالشهدا علیه السلام، منفک شد و به عنوان سپاه استانی، مستقل گردید.

بعد از سردار فضلی؛ در حالیکه سازمان لشکر، به سپاه استانی ارتقاء یافته بود، فرماندهی سپاه به برادر سرتیپ دوم پاسدار، حسینی مطلق واگذار شد. در زمان تصدی فرماندهی سردار حسینی که مقر ستاد سپاه به کرج  منتقل شده بود، بر اساس مصوبه دولت،  شهرستان کرج به استان البرز تغییر یافت. بر اساس مصوبه سپاه نیز می بایست هر استان سپاه مختص خود را داشته باشد.

این یگان با توجه به کمبودها وکاستی های ناشی از عدم استقرار و جابجایی های پی در پی، زیر مجموعه های پرتوان خود را به دو سپاه امام حسن مجتبی(عليه السلام) استان البرز و سپاه سیدالشهداء(عليه السلام) استان تهران تقسیم نمود. مقر سپاه سیدالشهداء (عليه السلام) به شهرستان ری منتقل گردید و به ناچار، در محل ناحیه شهر ری مستقر شد.

سردار سرتیپ دوم پاسدار، برادرحاج بهرام حسینی مطلق به منظور تفکیک باقی مانده این یگان، مدتی هر دو یگان را فرماندهی می کرد. در نهایت پس از تقسیم و تفکیک دو یگان، سردار سرتیپ دوم پاسدار برادر حاج علی نصیری که جانشین  این سپاه بود، به عنوان فرمانده سپاه سیدالشهداء (عليه السلام) منصوب شد و هم اکنون در سِمَت فرماندهی این یگان، مشغول به خدمت بوده و در پی تقویت و بالابردن توان سازمانی و رزمی سپاه همیشه پیروز سیدالشهداء (عليه السلام) می باشد.